Как начисляется НДС для компаний и ИП на УСН в переходный период, если сделка была проведена в 2024 году, а оплата получена в 2025 году — и наоборот?

1) Отгрузка была в 2024 году, а оплата в 2025 году:
При получении в 2025 году оплаты за отгрузки товаров/работ/услуг (ТРУ), произошедшие в 2024 году, начислять НДС плательщик УСН не должен.

База по НДС рассчитывается:
- на дату отгрузки;
- на дату аванса.
Когда отгрузка произойдет, упрощенец еще не будет плательщиком НДС (п. 2 ст. 346.11 НК РФ). А начислять НДС на момент постоплаты закон не требует.
Теперь это подтвердил Минфин (письмо от 03.10.2024 № 03-07-11/95799).

ИТОГ: НДС начислять и уплачивать не нужно!

2) Оплата была в 2024 году, а отгрузка в 2025 году:
В 2024 году УСН освобождает организацию от уплаты НДС. Соответственно, НДС с полученного до 01.01.2025 аванса не уплачивается.
С 2025 года плательщики УСН, которые не подходят под освобождение, начинают платить НДС. Значит, при отгрузке предоплаченых в прошлом году товаров, оказании услуг, выполнении работ НУЖНО начислить налог по пониженной или обычной ставке, смотря какую ставку вы выбрали.

И здесь возникает проблема: начислить НДС сверху или выделить его из уже оплаченной покупателем стоимости. Решать её нужно совместно с покупателем.
Если он согласится на то, чтобы вы допредъявили ему НДС, заключайте доп. соглашение об увеличении цены, добавляйте налог к авансу и получайте доплату.
Если покупатель согласия не даст, при реализации (отгрузке) товаров/работ/услуг в 2025 году необходимо исходить из того, что цена договора включает в себя НДС.
Сумму налога можно определить, применив расчетную ставку 5/105 или 7/107 (при применении специальной ставки НДС), либо 20/120, 10/110 (при применении общих ставок). Извлеченный таким способом из цены налог уменьшит сумму доходов, учитываемых по этой операции для целей УСН.
Поступать так рекомендует ФНС (п. 16 Методических рекомендаций по НДС для УСН).

ИТОГ: нужно начислить и уплатить с реализации НДС!